ينبغي تخطيط المعالجات الطبية بعناية، حيث يتم الرجوع إلى الوثائق التي تنظم هذه المخططات بوصفها تمثِّل بروتوكولات لهذه المعالجات، وكذلك فإنها، ضمن جملة أمور، تحدد التفاصيل الخاصة بالمعالجات التي ستجرى المقارنة بينها. ومع ذلك، فإن المعالجات الأفضل تخطيطاً لا تؤدي إلى بلوغ النتائج المقصودة أو المستهدفة. فقد تختلف أحياناً المعالجات التي يتلقَّاها المرضى بالفعل في الاختبارات، عن تلك التي كان يعتزم إعطاؤها لهم. وينبغي الأخذ في الحسبان هذا الانحراف عن الشيء المقصود وذلك عند تفسير نتائج المقارنة بين المعالجات.
وكان التقليل من الانحرافات عن المعالجات المقصودة واحداً من الأسباب وراء إدخال أدوية الغفل خلال مسيرة تطور الاختبارات المنصفة للمعالجات الطبية (كابتسوك1944)، إلا أن الأمور قد تنحرف عن مسارها حتى في التجارب المضبطة بأدوية الغفل. فخلال الحرب العالمية الثانية كان الأشخاص الذين يعانون من نزلات البرد يعطون محلولاً من الدواء يطلق عليه (( باتولين ))، وذلك مقارنة بأشخاص آخرين كانوا يعطون فقط السائل الذي كان يذاب فيه الدواء (1944 مجلس البحوث الطبية)، وقد أخفقت تحليلات النتائج في إظهار أية تأثيرات مفيدة للدواء، إلا أن قلقاً بدأ يظهر من أنه ربما يكون السائل الذي كان يستخدم في إذابة الدواء قد بطلت فعاليته. بعبارة أخرى، قد يكون أكثر من1000شخص قد شاركوا في إجراء مقارنة بين معالجتَيْن غير فعَّالتَيْن. ومن حُسْن الطالع، أن الاختبارات أكَّدت أن الباتولين المستخدم في التجربة كان حقيقة فعَّالاً، على الرغم من أنه كانت له تأثيرات قابلة للكشف على نزلات البرد (تشالمرز وكلارك2004).
وقد تختلف المعالجات المتلقَّاة عن المعالجات المقصودة وذلك لعدة أسباب. فمثلاً قد يقرِّر الأطباء عدم تقديم المعالجة للمرضى الذين خصصوا لتلقِّي تلك المعالجة ضمن مقارنة رسمية بين المعالجات. كما قد يرفض المرضى المعالجات التي خصصت لهم، أو لا يتناولوها على النحو الذي كان مقصوداً، كما قد يعطون جرعات تختلف عن الجرعات التي كان يُعتزم تقديمها، أو قد تنفد إمدادات إحدى المعالجات.
فعلى سبيل المثال، عندما ظهرت الاختلافات في نتائج المعالجات التي كانت متطابقة تطابقاً واضحاً، والخاصة بعلاج سرطان الدم لدى الأطفال البريطانيِّـين والأطفال الأمريكيِّـين، ولدى تقصي أسباب ذلك، اتضح أن النتائج السيئة في بريطانيا عكست عدم رغبة الأطباء البريطانيِّـين في الاستمرار في المعالجة الكيميائية عندما ظهرت لدى المرضى تأثيرات سامة مؤذية للمعالجة (الفريق المعني بسرطان الدم لدى الأطفال بمجلس البحوث الطبية).
لهذه الأسباب فإن تفسيرات الاختبارات المنصفة، لابد وأن تأخذ في اعتبارها إمكانية كون المعالجات المتلقَّاة ليست هي التي كانت مقصودة. وإذا حدث اختلاف بين النية والممارسة، فمن المهم أن تؤخذ تأثيرات تفسير النتائج بعين الاعتبار.